由厦门市人民政府、莫斯科大学、厦门大学三方按1:1:1委派代表共同构成。理事长1名，由厦门市人民政府委派分管副市长担任；副理事长2名，由莫斯科大学、厦门大学双方各委派分管副校长担任；理事9名，三方各委派3人。理事会决策需获得9名及以上理事会成员表决同意。成员因职务变动不再担任成员的，由所在单位岗位继任者自然接任。理事会职责包括但不限于：出台研究中心项目管理办法，出台研究中心资金管理办法，审批研究中心年度预算及项目资金切块方案，考核研究中心运作情况等。